20 марта 1919 г. Совет Министров Российского правительства утвердил «Положение о Следственных комиссиях для рассмотрения деятельности, прикосновенной к советской власти и к иным мятежным и противогосударственным организациям, офицерских и классных чинов и врачей военного и морского ведомства, состоящих на действительной службе». Положение предусматривало создание двух центральных следственных комиссий (при Военном и Морском министрах), а также сети местных комиссий при командующих войсками округов. В «Положении» отмечалось, что «Центральная следственная комиссия при Военном министре ведает расследованием и рассмотрением дел о всех генералах и штаб-офицерах, пользующихся правами не ниже командира отдельной части, а также о всех врачах и военных чиновниках, занимающих должности не ниже IV класса» (ранг действительного статского советника). Местные следственные комиссии должны были заниматься делами всех прочих чинов Военного ведомства.
Центральная следственная комиссия при Военном министре и местные следственные комиссии при командующих войсками округов были образованы приказом по Военному ведомству от 10 апр. 1919 г. Центральная комиссия имела право выносить следующие постановления: 1) о полной реабилитации обвиняемого; 2) о наложении дисциплинарного взыскания вплоть до увольнения со службы; 3) об ограничении обвиняемого в некоторых правах и преимуществах по службе на срок до 5-ти лет; 4) о предоставлении через Военного министра на усмотрение Верховного правителя своего заключения о разжаловании обвиняемого в рядовые. Дела о лицах, уличенных в уголовно-наказуемых деяниях, передавались «надлежащему прокурору». Дела о лицах, «прикосновенных к бунту, начатому в октябре 1917 г.», передавались на рассмотрение гражданских следственных комиссий.
Последние сведения о деятельности Центральной следственной комиссии при Военном министре относятся к декабрю 1919 г.
Председателями комиссии являлись: в апреле – июне 1919 г. помощник Военного министра по казачьим делам генерал-майор Хорошхин; в июне – декабре 1919 г. генерал-лейтенант Г.Е. Катанаев, руководивший прежде Чрезвычайной следственной комиссией для расследования действий полковника Г.М. Семенова и подчиненных ему лиц.
Документы поступили в архив 8 февр. 1922 г.