Учрежден в 1786 на базе одного из департаментов Вотчинной коллегии, оставленного после ее упразднения для окончания нерешенных дел и хранения архива. Подчинялся Сенату. Являлся центральным справочным учреждением по делам землевладения. Упразднен в 1852. Архив Вотчинного департамента, включавший также документы Поместного приказа и Вотчинной коллегии, с 1786 стал Архивом прежних вотчинных дел (в дальнейшем также стал именоваться Архивом Вотчинного департамента). В описи ф. 1209 документы Департамента внесены вперемешку с документами Приказа и Коллегии, за исключением оп. 81 – 82, точная датировка и количество ед. хр. не установлены.