Секретариат (1928–1938)
Постановления Президиума ЦИК СССР и распоряжения Секретариата ЦИК СССР, касающиеся деятельности Ученого комитета (копии). Протоколы и стенограммы заседаний актива Ученого комитета (1937), протоколы совещаний при Ученом комитете (1936–1937). Приказы (1937–1938), планы работы, отчеты Ученого комитета (1936–1937). Списки учреждений, подведомственных Ученому комитету. Положения о республиканских, краевых, областных курсах марксизма-ленинизма, о Высших коммунистических сельскохозяйственных школах, о Всесоюзной книжной палате. Личные дела сотрудников Ученого комитета.
Научно-учебный сектор (1928–1938)
Протоколы заседаний пленума (1931–1933), президиума (1931–1935), распорядительных заседаний президиума Ученого комитета (1931–1933), различных комиссий Ученого комитета; сметно-финансовой, по распределению жилищного фонда между институтами красной профессуры, по реорганизации музеев, по рассмотрению учебных планов, по заграничным командировкам. Постановления президиума Ученого комитета. Положения об Ученом комитете (1934), о Коммунистической Академии ЦИК СССР, о научно-исследовательских институтах: биологической физики, экспериментальной биологии, экспериментальной медицины, об институте народов Севера, об Энергетическом институте Академии наук СССР, о Средне-Азиатском государственном Университете, о Литературном институте им.М. Горького, об Институте национальностей СССР, о Биологическом музее им. Тимирязева, о Всесоюзной книжной палате. Уставы Всесоюзных обществ: марксистов-работников в области права, государства и советского строительства, статистиков-марксистов, историков-марксистов, техников-марксистов, литературоведов и искусствоведов-марксистов, педагогов-марксистов при Коммунистической Академии (1929, 1930), Общества по изучению Советской Азии (1930), Международной комиссии по изучению Средиземного моря (1932), Всесоюзного астрономо-геодезического общества (1932), Всесоюзного химического общества им.Д. И. Менделеева (1933), Всесоюзного общества друзей Музея Революции (1933), Всесоюзной правовой Академии при ЦИК СССР (1935).
Планы подготовки научных кадров, учебной и научно-исследовательской работы учреждений, подведомственных Ученому комитету. Отчеты о работе Ученого комитета (1929, 1930), подведомственных ему учреждений, о работе Всесоюзных конференций и научных съездов.
Переписка с Академией наук СССР, наркоматами, институтами об участии советских ученых в работе международных конференций, об организации научных экспедиций, об организации и реорганизации учебных и научно-исследовательских институтов, о разрешении въезда в СССР иностранным ученым.
Правила приема в Академию наук СССР, в учебные заведения системы Ученого комитета. Доклады членов Ученого комитета по результатам обследования учебных и научно-исследовательских институтов.
Приказы по институтам красной профессуры (копии). Стенографические отчеты сессий Академии наук СССР (копии). Сметы расходов и штатные расписания учреждений системы Ученого комитета. Сводные статистические данные о приеме учащихся в подведомственные ему учебные заведения. Списки и анкеты профессорско-преподавательского состава учебных институтов. Списки руководящих и научных сотрудников Академии наук.
Сельскохозяйственный сектор (1933–1938)
Протоколы производственных совещаний и списки сотрудников сектора. Отчеты о работе высших коммунистических сельскохозяйственных школ. Положения о сельскохозяйственных техникумах. Финансовые планы и сметы расходов высших коммунистических сельскохозяйственных школ, анкеты, характеристики, личные листки и карточки по учету их преподавателей.
Сектор партийных кадров (1935–1937)
Отчеты о работе сектора. Сметы расходов курсов марксизма-ленинизма и республиканских и областных школ пропагандистов. Списки слушателей курсов марксизма-ленинизма.
Сектор высших партийных школ (1937)
Сметы расходов областных газетных партийных школ и школ культпросветработников.
Группа кадров (1933–1938)
Списки научных, преподавательских кадров, слушателей учебных и научных заведений системы Ученого комитета. Списки сотрудников Ученого комитета.
Строительный сектор
Планы капитальных вложений и титульные списки по капитальному строительству по учреждениям Ученого комитета.
Квалификационная комиссия (1934–1938)
Протоколы заседаний Квалификационной комиссии при Ученом комитете и отчеты о ее работе. Диссертационные работы на соискание ученых степеней. Личные дела сотрудников научных и учебных учреждений, представленных в Квалификационную комиссию на соискание ученого звания: Всесоюзной правовой академией, Среднеазиатским государственным университетом, институтами красной профессуры, Биологическим институтом, Московским и Ленинградским институтами Востоковедения, Научно-исследовательским институтом мозга, Институтом народов Севера, Институтом национальностей СССР, Биологическим музеем, Музеем народов СССР, Музеем революции СССР, Всесоюзной книжной палатой, химическим обществом им. Д.И. Менделеева.
Бухгалтерия (1936–1938)
Протоколы заседаний балансовой комиссии при Ученом комитете, годовые финансовые отчеты Ученого комитета и учреждений, находящихся в его ведении. Сметы расходов по научно-исследовательским учреждениям.