Фронт был образован по решению совещания командного состава партизанских отрядов в середине сентября 1919 г. Вначале в его состав вошли партизанские формирования, действовавшие на территории Восточного Забайкалья (в районе между ж.д. линиями Чита-ст. Ерофей Павлович и Чита-ст. Маньчжурия), а затем Амурской области. Фронт делился на два участка: Нерчинский железнодорожный (вдоль полотна железной дороги) и Шилкинский речной (вдоль правого берега р. Шилки); приказом главкома Восточно-Забайкальского фронта N 57 от 20 июня 1920 г. участки упразднялись. Приказами главкома НРА ДВР N 91 от 22 апреля и N 85/оп от 22 мая 1920 г. все партизанские отряды, действовавшие в составе Восточно-Забайкальского, Восточного (Хабаровского) (образован в апреле 1920 г.) фронтов на территории от Сретенска до Хабаровска, были объединены в единый Амурский фронт. До августа 1920 г. он носил двойное наименование-Восточно-Забайкальский и Амурский фронт. Восточно-Забайкальская часть фронта была наделена значительной оперативной самостоятельностью, поэтому сохранялась должность командующего фронтом, упраздненная приказом войскам Амурского фронта N 237 от 7 октября 1920 г.
Приказами войскам Амурского фронта N 8 от 10 июля и N 68 от 20 июля 1920 г. части бывш. Восточно-Забайкальского фронта были переформированы во 2 Амурскую сд.
Дислокация штаба: с. Богдать (сент. 1919-февр. 1920), ст. Зилово Амурской ж.д. (март-июль 1920), г. Нерчинск (июль-окт. 1920).
Войска фронта сковывали группировки белогвардейских (атамана Семенова, ген. Каппеля) и японских войск боевыми действиями в районах Восточного Забайкалья (ст. Оловянная, Укурей, Онон, гг. Нерчинск, Сретенск, бассейн р. Шилки) (апр. 1920), участвовали в Читинских операциях 1920 г.: 1-й (10-13 апр.) (разгром дивизии противника в районе ст. Шелопугино, Купряково), 2-й (25 апр.-5 мая) (наступательные действия в районах гг. Сретенск, Нерчинск).