Армия образована приказом войскам Южного фронта No.13 от 25 сентября 1918 г. из частей поворинского направления и Балашово-Камыпшнского участка отрядов завесы. В соответствии с директивой командования Южного фронта No.2349/оп от 13 марта 1919 г. в составе армии были сформированы экспедиционные войска для подавления восстания казаков в верхнедонских станицах. Приказом войскам Южного фронта No.129/пш от 25 марта 1919 г. экспедиционные войска 8 армии были также подчинены командующему 9 армией. Приказом войскам Южного фронта No.902 от 10 июня 1919 г. эти войска были сведены в Особый (отдельный) экспедиционный корпус, а приказом войскам фронта No.905 от 17 июня переданы в непосредственное подчинение командующего фронтом.
С созданием Особой группы Южного фронта (директива Главкома No.1116/m от 23 июля 1919 г.) армия вошла в ее состав (вместе с 10 армией), с преобразованием группы в Юго-Восточный фронт (постановление РВСР от 27 сентября 1919 г.) и после переименования последнего в Кавказский фронт (постановление РВСР от 16 января 1920 г.) входила в состав этих фронтов.
По приказу войскам Кавказского фронта No.679 от 4 мая 1920 г. армия получила наименование 9 Кубанской.
В оперативном подчинении армии находились укрепрайоны: Ейский (май-сент. 1919) и Екатеринодарский (июль-сент. 1920), с 17 сентября 1920 г. (приказ войскам Кавказского фронта No.1644) береговые батареи на побережье Черного и Азовского морей, объединенные с 18 декабря 1920 г. (приказ войскам Кавказского фронта No.2525) в Кавказский сектор береговой обороны Черноморского побережья.
После ликвидации приказом РВСР No.1119/200 от 22 мая 1921 г. Кавказского фронта армия была передана в состав СКВО, по приказу которого No.105 от 15 июня 1921 г. Управление армии расформировывалось.
Дислокация штаба: гг. Балашов (окт. 1918-март 1919, июнь-июль, сент., дек. 1919), Пенза (июль-сент. 1919), Сердобск (нояб. -дек. 1919), Калач (дек. 1919-янв. 1920), Каменск (февр. -март 1920), Новочеркасск (май-апр. 1920), Екатеринодар (апр. 1920-июнь 1921).
Войска армии участвовали в оборонительных боях против белоказачьей Донской армии Краснова в районе Поворино-Царицынской ж.д. (ст. Поворино, Филонова, Алексиково, Арчеда, стц. Урюпинская, Усть-Медведицкая) (окт. -дек. 1918); в наступлении Южного фронта (янв. -март 1919) с целью разгрома Донской армии (нанесение ударов на новохоперском и поворинском направлениях, освобождение гг. Борисоглебск, Новохоперск, стц. Усть-Медведиикой, выход на Дон, северный берег р. Маныч), в подавлении восстания казаков в верхнедонских станицах (март-июнь 1919); в оборонительных боях против армий Деникина и отходе из Донской области, в борьбе против рейда Мамонтова; в августовском контрнаступлении Южного фронта (удар на стц. Усть-Хоперская, форсирование и оборона рубежа р. Хопер); в ходе совместного наступления Южного и Юго-Восточного фронтов (19 нояб. 1919-10 янв. 1920) участвовали в операциях: Хоперо-Донской (20 нояб.-8 дек. 1919) (выход на рубеж р. Дон и освобождение ст. Бутурлиновка, гг. Калач, Павловск, ст. Миллерово, Лихая) и Ростово-Новочеркасской (3-10 янв. 1920) (преследование вдоль ж.д. Лихая-Ростов, освобождение Новочеркасска, стц. Канстантиновская); в Северо-Кавказской наступательной операции по завершению разгрома армий Деникина и осуществлении в ходе ее Доно-Манычской операции (17 янв.-6 февр. 1920) (выход на рубеж стц. Старочеркасская, Багаевская, Семикаракорская), Тихорецкой операции (14 февр. -2 марта 1920) (форсирование р. Маныч), в Егорлыкском сражении (февр. -март 1920), в Кубано-Новороссийской операции (3-27 марта 1920) (выход на Кубань, освобождение гг. Якатеринодар, Новороссийск); преследовании остатков деникинских войск в районе Туапсе, Сочи; в ликвидации врангелевских десантов на Кубани и Таманском полуострове (авг. -сент. 1920), в боях против "Армии возрождения России" ген. Фостикова в районе Майкопа, стц. Лабинской, Баталпашинской (авг. -окт. 1920).