В связи с введением новой системы военно-административного и полевого управления в Туркестане (приказ войскам Туркестанского фронта No.1144/581 от 18 сентября 1921 г.) для объединения руководства войсками, расположенными на территории Самаркандской, Амударьинской областей, Бухарской и Хорезмской республик, учреждались должность командующего войсками и Штаб войск Самаркандской области (на правах дивизии). Эти функции возлагались на начальника и Управление 1 Туркестанской сд.
С образованием Бухарской группы (приказ войскам фронта No.1503/оп 2356 от 3 апреля 1922 г.) в ее состав были переданы войска, расположенные на территории Бухарской республики, а войска, находящиеся в пределах Хорезмской республики, подчинялись командующему войсками Туркменской области.
По приказу войскам фронта No.948/389 от 12 июля 1922 г. 1 Туркестанская сд была переименована в 3 Туркестанскую сд с сохранением функций командования войсками Самаркандской области.
Приказом войскам фронта No.1436/575 от 12 октября 1922 г. 3 Туркестанская сд включалась в состав вновь формируемого 13 ск, Штаб войск Самаркандской области обращался на формирование РВС и штаба корпуса. Для управления войсками, оставшимися на территории области, был образован Самаркандский боевой район с подчинением корпусу (ликвидирован приказом войскам фронта No.253 от 21 июля 1924 г.).
Войска области вели борьбу с басмаческими формированиями в Самаркандской и Амударьинской областях, на территории Бухарской и Хорезмской республик, несли охрану границы с Афганистаном, железных дорог и мостов.