Народный комиссариат по военным делам Туркестанской республики образован постановлением СНК Туркестанской республики от 14 мая 1918 г. для военного управления и оперативного руководства вооруженными силами Туркестана. Одновременно функции управления войсками выполнял штаб образованного декретом СНК РСФСР от 4 мая 1918 г. Туркестанского военного округа. В целях создания на территории Туркестана единого органа военного управления постановлением ТурЦИКа от 12 августа 1918 г. аппарат округа к сентябрю того же года был переформирован в отделы Комиссариата по военным делам. В связи с обострением внутриполитической обстановки в январе 1919 г. Комиссариат был временно подчинен вновь образованному Главному оперативному штабу (с оперативными функциями), а часть отделов обращена на формирование рабочего аппарата этого штаба.
После коренной реорганизации военного управления в апреле 1919 г., связанной с образованием РВС Туркестанской республики, на Комиссариат возлагались: формирование, устройство и обучение войск, их материально-техническое обеспечение, разработка всех вопросов обороны республики; ему подчинялись войсковые части, расположенные вне театра военных действий, местные органы военного управления.
С подчинением на основании постановления РВСР от 29 сентября 1919 г. всей военной организации Туркестана РВС Туркестанского фронта, начался переход на принятую в РСФСР единую организационную структуру военного управления. В связи с этим приказом РВС Туркестанского фронта No.12 от 22 ноября 1919 г. Комиссариат был переименован в Туркестанский окружной военный комиссариат, подчиненный фронту, а приказом войскам фронта No.82 от 7 марта 1920 г. упразднен.