В январе 1918 г. был образован военный отдел при Центральном комиссариате по делам мусульман Наркомата по делам национальностей, преобразованный 28 апреля 1918 г. в военную коллегию, а 31 мая 1918 г.-в Центральную мусульманскую военную коллегию, подчинявшуюся непосредственно Совнаркому. На нее возлагалось всемерное содействие Наркомвоену в создании армии на территории Советской республики с преобладающим мусульманским населением. 2 августа 1918 г. Коллегия переехала из Москвы в Казань. В связи с захватом Казани белочехами ее деятельность прекратилась.

  Приказом РВСР No.276 от 20 ноября 1918 г. при Наркомвоене была учреждена Центральная мусульманская военная коллегия в новом составе. Приказом РВСР No.601 от 29 марта 1919 г. определялись задачи Коллегии: проведение под непосредственным руководством Приволжского окружного комиссариата по военным делам культурно-просветительной и политической работы в войсковых частях из мусульман, содействие Приволжскому и Уральскому военным округам в деле формирования мусульманских частей. Этим приказом Коллегия переводилась в Казань. По приказу РВСР No.891 от 15 мая 1919 г. вопросы назначения, перемещения и увольнения командно-политического состава мусульманских частей как формировавшихся, так и действовавших на фронте, решались с ведома и согласия Коллегии.

  Приказом РВСР No.2005 от 1 сентября 1920 г. Коллегия была расформирована, вместо нее организован отдел Востока при Политуправлении РВСР.