Протоколы Конференции академии и алфавиты к ним (1804-1917).
Законодательные акты, положения, штаты, инструкции и другие документы о деятельности и внутреннем распорядке академии, ее клиник и госпиталя. Годовые отчеты академии. Документы о преобразовании 1-го военно-сухопутного госпиталя (1866), открытии Михайловской клинической больницы баронета Виллие (1873).
Документы о правилах приема, допуске различных категорий граждан к обучению в академии, командировании преподавателей и лучших студентов за границу с научными и учебными целями.
Сведения об успехах студентов в занятиях, прикомандировании к академии врачей для повышения квалификации, исследованиях, проведенных сотрудниками академии по заказам частных лиц, организаций, ведомств. Переписка с Медицинским департаментом, Департаментом военных поселений и другими учреждениями и организациями, в том числе зарубежными, о признании медиков почетными членами и членами-корреспондентами академии. Сведения об иностранцах, прибывавших в академию с научными или учебными целями для подтверждения врачебной квалификации. Документы о проведении экзаменов, защитах диссертаций и других научных трудов, назначении премий и именных стипендий студентам и преподавателям академии. Сведения о выпускных испытаниях студентов при выпуске в лекаря (1863), создании в академии женского курса (1871-1872). Дипломные книги, копии дипломов и свидетельств об окончании академии (1808-1914).
Переписка Конференции академии с Цензурным комитетом о рецензировании медицинских сочинений различных авторов сотрудниками академии. Рекомендации к практическому использованию новых лекарственных препаратов, процедур, способов лечения. Мнения комиссий академии о представленных на их рассмотрение изобретениях (протезах, аппаратуре, медицинских инструментах, продуктах питания). Сведения о способах и попытках очищения воздуха в госпиталях (1862), испытании различных терапевтических средств (1860).
Сведения о командировании врачей за границу для усовершенствования, отправке врачей и студентов академии в различные губернии Российской империи для борьбы с болезнями, эпидемиями людей и скота, мобилизации врачей в Действующую армию в 1877-1878 гг.
Документы о покупке литературы, хирургических инструментов, оборудования, продовольствия, лекарственных средств для нужд академии, приеме в дар от разных лиц коллекций, собраний, пожертвований.
Отчеты о доходах и расходах академии и клиник. Сведения о ревизии 2-го военно-сухопутного госпиталя (1861, 1870), жаловании и пособиях преподавателям и служащим академии (1865-1918). Журналы хозяйственного правления (1808-1825).
Документы о состоянии помещений и строительных работах в академии, ремонте зданий 2-го военно-сухопутного госпиталя. Сведения о хозяйственной части академии (1868), пожаре в здании Клинического госпиталя (1871), недвижимом имуществе академии и ее учреждений.
Документы о введении новых правил для учащихся (1863), происшествиях в академии, студенческих беспорядках, арестах студентов полицией, увольнении студентов за различные провинности из академии (1861-1911). Документы Инспекции студентов (1872-1910).
Сведения о посещении членами императорской фамилии и другими лицами академии и госпиталя.
Журналы и алфавиты входящих и исходящих документов академии (1800-1916).
Личные дела академиков, профессоров, медицинского персонала, выпускников академии и уволенных студентов. Именные списки воспитанников, выпускников академии, произведенных в различные медицинские звания (1801-1918). Послужные списки и другие документы о службе преподавателей академии, в том числе В. М. Бехтерева, С. П. Боткина, И. П. Павлова, Н. И. Пирогова, И. М. Сеченова, Н. В. Склифосовского. Переписка по личному составу академии.