Канцелярия по гражданскому управлению при Штабе верховного главнокомандующего образована 3 октября 1914 г. в составе Штаба верховного главнокомандующего. В ее ведение входили "вопросы гражданского управления, возникающие в отношении мирного населения по случаю военных действий": осуществление гражданского управления на неприятельских территориях, занятых русскими войсками, проведение мероприятий по ограничению прав подданных воюющих с Россией государств, учет и возмещение убытков, понесенных населением во время войны, использование на оборонительных работах военнопленных и гражданского населения, эвакуация населения.
6 октября 1917 г. учреждена должность помощника начальника Штаба верховного главнокомандующего, при котором образовано Управление, в чье ведение кроме гражданского управления поступили также вопросы реорганизации армии на демократических началах. 12 декабря 1917 г. Управление помощника начальника Штаба верховного главнокомандующего переименовано в Военно-политическое и гражданское управление при верховном главнокомандующем.
Канцелярия по гражданскому управлению была расформирована, ее дела переданы в Канцелярию Военно-политического и гражданского управления. Управление ликвидировано в марте 1918 г.