Ферганская область образована 18 февраля 1876 г. Входила в состав Туркестанского военного округа.
19 февраля 1876 г. сформировано Управление войск Ферганской области. Упразднено 11 августа 1896 г. Одновременно сформирована Военная канцелярия при военном губернаторе Ферганской области, упраздненная 12 июля 1899 г. С 1899 г. в ведении военного губернатора находилось только гражданское управление областью, с марта 1917 г. он вновь стал командующим войсками, расположенными на ее территории.
В июле 1891 г. для поддержания порядка на Памире был сформирован Памирский (с 1 июля 1894 г.-Сменный Памирский) отряд, осуществлявший функции административного управления на Памире. Отряд ликвидирован в 1918 г.