Образована постановлением Президиума Верховного Совета СССР 25 августа 1938 г. Комиссия рассматривала заявления о помиловании осужденных по приговорам, вступившим в силу. На решение Президиума Верховного Совета СССР комиссия должна была представлять дела о помиловании осужденных при наличии проявленных за время пребывания в местах заключения высоких показателей производительности труда, подтвержденных ходатайствами соответствующих государственных органов.
21 ноября 1938 г. на заседании комиссии был поставлен вопрос о передаче на рассмотрение Президиумов Верховных Советов Союзных республик заявлений о помиловании осужденных местными органами НКВД. Комиссия рассматривала дела о помиловании, осужденных судебными коллегиями Верховного суда СССР, военными трибуналами, местными судами железнодорожного и водного транспорта и Особым совещанием при НКВД СССР.
Ввиду большого скопления заявлений в комиссии Секретариат Верховного Совета СССР значительно расширил ее состав.
При формировании структуры Верховного Совета СССР 2-го созыва в 1947 году было принято постановление Президиума Верховного Совета СССР от 10 июня 1947 г. не создавать Комиссию по рассмотрению заявлений о помиловании. На заседании Секретариата Верховного Совета СССР 12 июня 1947 г. было решено на основе аппарата бывшей Комиссии по помилованию создать гриппу для подготовки вопросов по ходатайствам о помиловании на заседания Президиума Верховного Совета СССР. Председателем комиссии был А.Ф. Горкин.
Документы фонда поступали из архива Президиума Верховного Совета СССР в 1959, 1961, 1967 гг.