Создана постановлением Президиума ВЦИК от 28 сентября 1923 г. для содействия прекращению этнических конфликтов на границе Киргизской и Туркестанской республик. Состоялось шесть заседаний, доклады о результатах работы Комиссии были заслушаны 17 ноября 1923 г. на закрытом заседании ЦИК Туркестана и 29 ноября 1923 г. на заседании большого Президиума ЦИК Киргизской республики.