Личные документы В.К. Агафонова: диплом Петербургского университета о присвоении ученой степени магистра минералогии, удостоверение личности, дневник за 1882–1883 гг., записные книжки 1909, 1917 гг., издательские договоры, рукописи книг и статей Агафонова: «В тайниках заграничной охранки», черновые отрывки из работ о Л.Н. Толстом и А.И. Герцене. Документы служебной и общественной деятельности: копии протоколов допросов сотрудников заграничной агентуры специальной комиссии, назначенной ЧСК Временного правительства; выписки из дел Департамента полиции о секретных сотрудниках, подлинные циркуляры Департамента полиции об организации секретной агентуры (1907–1914 гг.), инструкции Московского охранного отделения по организации внутренней агентуры (1897–1908 гг.), обзор деятельности ЦК партии эсеров за 1908 г.; копии документов Департамента полиции об Е. Азефе (1893–1917 гг.), подлинные материалы комитета помощи политкаторжанам, возвращающимся в Россию 1917 г.

Письма к В.К. Агафонову М.Н. Покровского, О.А. Пятницкого, С.Г. Сватикова, и др.

Документы его жены, Ю.М. Агафоновой и других родственников: тетради Ю.М. Агафоновой с записями лекций по медицине и микробиологии, тетрадь и записная книжка с выписками из архивных документов о заграничной агентуре Департамента полиции и др.