Образовано по решению ЦК РКП(б) приказом Наркомвоена No.270 от 8 апреля 1918 г. для "согласования и объединения деятельности военных комиссаров и установления контроля над ними во всероссийском масштабе". Приказом Наркомвоена No.300 от 23 апреля 1918 г. в его состав передан агитационно-просветительный отдел Всероссийской коллегии по организации и управлению РККА. Подчинялось Наркомвоену, а с созданием РВСР-последнему (приказ РВСР No.94 от 14 октября 1918 г.).
По положению, объявленному приказом РВСР No.49a от 9 октября 1918 г., на Всебюрвоенком возлагалось руководство политической деятельностью военных комиссаров в главных управлениях военного ведомства, органах местного военного управления, управлениях военных сообщений, пограничной охране, в формируемых частях, а также организация контрразведки.
Приказами РВСР No.202 и 203 от 13 и 14 ноября 1918 г. в состав Всебюрвоенкома включались военно-политический подотдел РВСР и политотдел Высшей военной инспекции и передавались функции по руководству деятельностью военных комиссаров центральных управлений военного ведомства и действующей армии.
По решению VIII съезда РКП(б) приказом РВСР No.674 от 18 апреля 1919 г. Всебюрвоенком упразднялось, одновременно для руководства партийно-политической работой в армии и в тылу создавался политический отдел РВСР, переименованный 15 мая 1919 г. в Политическое управление РВСР.