Сформирован на основании постановления Ревкома БНСР от 6 сентября 1920 г. В его ведение входила военно-мобилизационная, учетная и разведывательная работа.

  В сентябре 1924 г. БНСР переименована в Бухарскую советскую социалистическую республику, которая в октябре вошла в состав вновь образованных Узбекской, Туркменской и Таджикской ССР. Приказом РВС СССР No.132 от 5 февраля 1925 г. во вновь образовавшихся республиках были созданы военные комиссариаты (на правах губернских) и местные (областные, районные) военкоматы (на правах уездных).