Образован на основании постановления Революционного комитета Азербайджанской ССР от 28 апреля 1920 г., подчинялся РВС 11-й (с мая 1921 г. Отдельной Кавказской) армии.
Постановлением ЦИК Советов Азербайджана, Армении и Грузии от 2 декабря 1922 г. преобразован в военный комиссариат, как составную часть Наркомвоенмора ЗСФСР.