Статьи и очерки (1894–1925): «Метеориты», «Минералогические очерки», «К вопросу об участии организмов в минералообразовании», «Возрастной состав фауны и температура окружающей среды», «Осадки Баренцева и Карского морей», «Химико-минералогический состав современных и ископаемых иглокожих», «Фосфоритные залежи России, их разработка», «О генезисе железных руд Центральной России», «Определение мировых запасов фосфоритов», «Отложения водного кремнезема органического происхождения», «О расхождении солей в Пермской толще востока европейской России» и др.

Лекции по минералогии, геологии и кристаллографии (1902–1916).

Записные книжки с рабочими записями о фосфоритах Вятской и Костромской губерний, Эстонии (1884–1922). Фотографии рудников, геологических образцов и пород (1900).

Документы о работе в Научном институте по удобрениям (1919–1925), ВСНХ РСФСР и ВСНХ СССР (1918–1925), об участии в международных геологических конгрессах, конференциях (1918–1923).

Документы о создании Химического института им.Л. Я. Карпова.

Письма ученых Э.Е. Арнольди, А.Д. Архангельского, Э.В. Брицке, В.И. Вернадского, К.К. Гедройца, М.Д. Залесского, В.А. Зильберминца, Н.К. Кольцова, А.Н. Лебедянцева, Ф.Ю. Левинсон-Лессинга, А.Н. Реформатского, А.И. Россолимо, Н.М. Тулайкова, Е.Е. Успенского, А.Е. Ферсмана и др. (1900–1925).

Биографические документы (1912–1924).

Фотографии индивидуальные и групповые.

Документы об увековечении памяти Я.В. Самойлова (1925).

Географические карты России и зарубежных стран (1874, 1879, 1903, 1910).