Грамоты, памяти, указы приказов Большого дворца, Монастырского, Патриарших (и непосредственно от патриарха Никона), Новгородской четверти, Синода, новгородских митрополитов, холмогорских архиепископов, олонецких епископов, Архангельской и Новгородской консисторий, Архангельской и Каргопольской приказных изб и воеводских канцелярий, отписки, донесения и рапорты архимандритов 1656–1918, в т. ч. о начале строительства монастыря по челобитью Никона (сп.) 1656, об уменьшении крестьянских податей 1664, о запрещении хищнического лова семги в р. Онеге 1676, об открытии школы в Каргополе 1741.

Жалованные грамоты монастырю на вотчины и угодья, грамоты воеводам о передаче вотчин монастырю, послушные грамоты крестьянам 1656–1690.

Переписка монастырских властей с приписными Благовещенским, Пертоминским и Сырьинским монастырями, с приказчиками и старостами Архангельского и Вологодского подворий, Кушрецкого, Нерлецкого, Польского усолий, Белого двора на Онежском устье, ее. Биричевского, Бурого, Корельского, Михайловского, Пильдемского, Покровского, Порожского 1652–1760-е.

Книги приходо-расходные денег, пеньки, платяной казны, рыбы, «скотские» (мясомолочного хозяйства), соли, хлеба и др. 1656–1763, соляных и рыбных промыслов 1658–1758, в т. ч. «лодейных старцев» Мурманского промысла 1675–1755, деловых и торговых поездок (для продажи и сдачи железа, рыбы – свежей, соленой и сушеной семги, трески, палтуса и соли) в Архангельск, Белозерск, Весьегонск, Воскресенский монастырь (к патриарху Никону в 1665), Каргополь, Кирилло-Белозерский монастырь, Кольский острог, Москву, Новгород, Петербург 1665–1736, штатных и неокладных сумм на жалованье и др. нужды 1766–1918, на содержание арестантов 1842, 1855; переписные и отводные вотчин и усолий 1657–1762; описные церквей и ризницы, движимого и недвижимого имущества 1656, 1661, 1672, 1686, 1701, 1711, 1717, 1743, 1746, 1762, 1789, 1791, 1808, 1826, 1839, 1871, 1873, 1887, 1906; записные сборов десятинной рыбы с крестьян (семги) 1667–1745, подушных и оброчных сборов 1668–1743, в т. ч. издержек на организацию похода армии Архангельск-Повенец 1702–1703, ремонтно-строительных работ в монастыре 1893–1900, метрические 1884, 1895, 1900, исповедные 1896–1903, записи паспортов пребывающих в монастыре лиц 1897–1900.

Росписи: книг, материалов, платья, продовольствия, скота, утвари, закупленных для монастыря и пожертвованных Соловецким, Спасо-Прилуцким, Сырьинским, Ферапонтовым и др. монастырями 1657; мастеров – каменщиков, кирпичников, смолокуров; крестьян-недоимщиков; товаров и рыболовных снастей 1660; посевов зерна 1671; содержащихся в монастыре «бунтовщиков» и беглых крестьян, солеваров 2-й пол. XVI I в., реестр обучаемых при монастыре солдатских детей 1770; списки именные монахов 1840–1843, послужные 1843–1918.

Выписи из писцовых книг на вотчины Антониево-Сийского и др. монастырей 1621–1622. Ревизские сказки 1746, 1837.

Исторические описания монастыря архимандрита Вениамина (печ., из Архангельских губ. ведомостей NN 7 – 8) 1847 и настоятеля Варлаама 1888.

Дела и документы 1641–1918: о земельных спорах с крестьянами и др. монастырями 1641–1761; о строительстве монастыря (в т. ч. о поставках строительных материалов, снабжении книгами и утварью, о крестьянских повинностях по строительству) 1656–1660; о сборе с крестьян кабальных долгов, оброчных и подушных сборов (в т. ч. сборе семги с «рыбных ловцов» 1657- 1829; о поселении крестьян на пожалованных монастырю землях 1657–1669; о заточении в монастырь разных лиц 1658/59; об отправке кирпичников, плотников, др. работных людей и материалов на строительство в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, Архангельск, Петербург 1660–1665, 1701–1708, 1728; о выборе целовальников на рыбопромыслы, старост и десятских 1661–1710; о злоупотреблениях монастырской администрации и дисциплинарных провинностях монахов 1662–1833; об отписке Сырьинского монастыря от Крестного Онежского 1674- 1677; о Соловецком восстании 1670-е; о сборе хлеба на жалованье работным людям, об участии монастыря в казенной продаже табака 1701, о кораблекрушении на Онежском озере 1702, о сыске беглых крестьян и монахов 1706–1755.

Закладные и заемные кабалы 1630–1671, деловые записи 1631–1680, отписи в приеме казенных сборов с монастыря Приказа Большого дворца, приказных изб, казначеев Воскресенского монастыря и Новгородского митрополичьего дома, таможенных целовальников 1634–1728; купчие и меновные 1648–1701, сговорные 1652, 1693, поручные записи и подписки крестьян и монастырских властей по половникам, рекрутам, рыболовам, целовальникам и мастерам (каменщики, кирпичники, плотники), отправленным на строительство в Архангельск, Воскресенский монастырь, Петербург 1652–1762; вкладные 1656- 1744, порядные и договорные записи и контракты крестьян и посадских людей на обработку земель и угодий, рыбные ловли (в т. ч. кормщиков на ладьи) 1656–1905, мировые 1660–1694; духовные 1660–1761; отпускные свидетельства и паспорта крестьянам-отходникам 1735–1754. Челобитные и прошения крестьян, монахов, посадских людей о пострижении, взятии угодий на оброк и откупы, об уплате и отсрочке податей, выполнении различных работ для монастыря, отпуске на заработки и др. 1652–1828.

Переписка, деловая и семейная, монастырских властей, монахов и светских служителей монастыря 1660- XIX в., в т. ч. память стольника И.А. Мещеринова о порядке содержания в монастыре одного из руководителей Соловецкого восстания келаря Азария «с товарищи» 1674, письмо монастырского служителя архимандриту об осаде шведами Псково-Печерского монастыря 1701.

Документы приписных монастырей: Благовещенской пустыни – книги приходо-расходная и переписная 1666, 1669; Пертоминского монастыря – книги приходо-расходные 1658, 1662- 1666, переписные 1662–1666; Сырьинского Успенского – книги отводная 1661, приходо-расходные 1704, 1724, 1728, 1742, переписные 1724, 1745, дела и документы, в т. ч. о строительных работах в монастыре 1656–1657, 1757, опись 1777.