Входящие и исходящие документы Комиссии 1811–1840, приходо-расходные книги денежных сумм и книг, продаваемых Комиссией 1813–1918, журналы заседаний Комиссии 1874–1911, алфавиты, описи и реестры дел Комиссии 1850–1858; коллекция оттисков печатей XIX. в.

Отношения и письма в Комиссию различных исторических обществ, ученых архивных комиссий Киева, Москвы, Петербурга и разных губерний сер. XIX – н. XX в., Библиотеки герцогства Дармштадтского 1877–1883, Страсбургского и Харьковского университетов 1879, Петербургского археологического института 1881–1882, Императорского Эрмитажа 1882, Венского государственного архива 1882–1895, Румынской академии наук 1884- 1885, Ташкентской публичной библиотеки 1885, Сербского братства св. Саввы 1890.

Письма в Комиссию и ее председателям Н.А. Полевого 1840, А.А. Куника 1850, В.Д. Коновского 1850, С.А. Соболевского 1868, Д.А. Ровинского 1873–1875, А.А. Половцева 1874–1880, Н.М. Белозерского 1877–1878, бар. Ф.Р. Остен-Сакена 1878, Ю.Б. Иверсена 1882, П.М. Батюшкова 1887, Ж. д'Авенеля 1880-е, А. -Н. Рамбо 1880-е, кн. С.Н. Трубецкого 1890.

Тематические подборки копий и выписок из документов XV – н. XX в., в т. ч. выписки из летописей за 1564–1619, Новгородские писцовые книги (коп.) к. XV-XVI в., документы о сношениях России с Англией за 1568–1783 (в т. ч. дневники английского дипломата Дж. Гарриса (коп.) 1777–1783), о поездке полковника А. Лесли в Голландию (коп.) 1631, о деле патриарха Никона 1654–1667, о крестьянской войне под предводительством С.Т. Разина 1668–1675, об истории Яицкого городка XVII-XVIII вв., о бар.Г. Гюйссене 1705–1722, о русско-испанских отношениях в 1718, о восстании ссыльных на Камчатке под руководством М. Беневского 1770–1773, о снятии копий документов Ватиканской библиотеки для кн. М.М. Щербатова (коп.) к. XVIII в., о гр. Ф. Санти 1727, об английских орденах Бани и Подвязки 1875–1892, о коллекции медалей и печатей, принадлежащих Комиссии 1889, о пожертвованиях разных лиц на издания Комиссии XIX – н. XX в. (в т. ч.К. Т. Солдатенковым 1892).

Материалы по изучению, изданию и реализации документов, документальных комплексов, отдельных памятников и сочинений, а также научных работ по истории России (копии документов и сочинений, гранки, корректуры, рецензии, предисловия к публикациям, исследования об отдельных памятниках, указатели и др.) 1813–1914: об издании «Собрания государственных грамот и договоров» 1813–1894 (в т. ч. гравюры для этого издания), Судебников Ивана III и Ивана IV 1819, 1878, в т. ч. корректурный экземпляр Судебника Ивана IV, подготовленный В.Н. Татищевым 1768, «Книги об избрании на царство Михаила Федоровича» 1841–1856, 1877–1895, «Писем русских государей и др. особ царского семейства» 1846–1902, различных иностранных сочинений за 1564–1777 о России 1847–1860-е, статейных списков русских посольств XV-XVII вв. 1849–1882, «Нового Летописца» по списку кн. М.А. Оболенского 1853–1858, «описания в лицах» свадьбы Михаила Федоровича 1874–1875, сборника песен Кирши Данилова 1875–1894, писем Ф.М. Гримма, Д. Дидро, документов об Э. -М. Фальконе 1875–1894, «Очерка деятельности Комиссии печатания государственных грамот и договоров с 1811 по 1877» 1877, «Памятников российской словесности» 1879–1879, актов относящихся к иконе Иверской богоматери 1879–1885, «Снимков древних русских печатей» 1880–1885, «Сборников МГАМИД» 1880 1900, материалов по Взаимоотношениям России с Грузией 1889–1914, греческих грамот 1892- 1896, «Обзоров внешних сношений России Н.Н. Бантыш-Каменского» 1893–1902, «Созерцания краткого» Сильвестра Медведева 1894, планов Москвы XVII в. 1898–1899, каталогов Портфелей Г. -Ф. Миллера 1899, «Титулярника» 1899–1902.

Дела и документы о научной работе членов Комиссии и др. ученых, работавших по ее заданиям сер. XIX – н. XX в., в т. ч. о передаче в Археографическую комиссию материалов, скопированных в МГАМИД Н.В. Калачевым 1850-1852, о выдаче Н.П. Барсукову справки о работе в Комиссии П.М. Строева 1876, о присылке из разных хранилищ рукописей для работы С.А. Белокурова 1894–1898, о присылке в Киевскую археографическую комиссию документов по истории Малороссии 1851- 1854, об обмене изданиями Комиссии с русскими и зарубежными архивами, библиотеками и научными обществами 1874- 1915. Уставы различных научных обществ (печ.) 1837–1877.

Научные статьи и заметки 1829–1914, в т. ч.Н. Н. Бантыш-Каменского, кн. Н.Н. Голицына, Н. Золотарева, А.Н. Лодыженского, А.Ф. Малиновского, кн. М.А. Оболенского, И.С. Рябинина, Н.В. Чарыкова.

Иностранные законодательные, литературные и др. памятники XII-XVII вв., в т. ч. «Летопись Хорутанская (Словинская)» (сп. XIV в.) 1152–1229, немецкое сочинение по военному искусству XIV-XV вв., сборник законодательных актов Священной Римской империи (сп. XVI в.) XIV-XVI вв., немецкие публицистические сочинения против папства 1-я пол. XVI в., сочинение о взятии Иваном IV Полоцка (коп.) 1564, сочинения о России (коп.) абовского епископа Павла Юстена 1569–1571, А. Поссевино 1581, Д. Горсея 1584–1591, Дж. Флетчера 1591, Я. Забчица 1605, С. Вельского 1609, П. Гордона 1655–1698, А. Мейерберга 1661, А. Боттони 1671–1675, А. Пальмквиста 1673.

Русские сочинения XVI-XIX вв., в т. ч. Паисия Ярославова «Повесть о втором браке Василия III» (сп.) 1526, «Хожение в Иерусалим В. Познякова» (коп.) 1556, поучение ростовского попа Георгия «На утверждение православной веры», послание старца Елеазарова монастыря Филофея «О злых днех и часех» (коп.) XVI в., Сильвестра Медведева «Созерцание краткое» (автогр. и коп.) 1682–1684, И.Л. Черепанова «Сибирская летопись за 1578–1760», гр. А.В. Суворова «Записка о войне с Францией» (коп.) 1798, А. Клеванова «Статистический очерк Московской губернии в исходе XVIII в.» 1848.

Коллекция копий писем разных лиц разным лицам 1653- 1816, в т. ч. Алексея Михайловича, Марии Ильиничны, Алексея Алексеевича 1653–1654, Екатерины II, Павла I, Александра I 1775–1812, А.А. Яковлева 1716, Дж. Кейта 1733–1756, гр. М.И. Воронцова 1745–1758, гр. А.Г. Орлова-Чесменского 1787–1792, Н.Ф. Ртищева 1813–1816, в т. ч. С.Л. Стрешневу 1653, кн. А.Д. Меншикову 1716, Елизавете Петровне 1745–1758, Н.П. Архарову 1775–1812, грузинскому царевичу Александру 1813–1816; письма польского короля Августа II, гетмана И.С. Мазепы и Е.Д. Украинцева Петру I 1700–1706.

Документы из коллекции И.М. Снегирева XV-XVIII вв., в т. ч. духовная монаха Симонова Московского монастыря Андриана Ярлыка 1460, данная Ивана IV Преображенскому «на Новом» монастырю на вотчину в Дмитровском у. 1555, грамоты патриарха Иоакима властям Воскресенского Карачевского монастыря о кончине Алексея Михайловича и царевны Ирины Михайловны 1676, 1679, купчие И.А. Толстого 1691, 1697, закладная Д.Е. Неупокоева и данная М.Б. Урмаметеву на дома в Москве 1701–1702.