Штатное расписание архива 1852 и проекты штатов 1887, 1911, 1917. Переписка с обер-прокурором Московских департаментов Сената 1852–1864 и с Министерством юстиции 1852- 1917, в т. ч. об описании «Грамот Коллегии экономии» 1852, писцовых книг 1858, о составлении списка указов Петра I Сенату 1855–1856, о начале издания «ОДиБ» 1865–1869, о тяжелом материальном положении сотрудников архива во время 1-й мировой войны 1915–1916. Годовые отчеты, посылавшиеся в Министерство юстиции 1852–1917. Отчеты по третям года 1852–1887 и еженедельные ведомости 1852–1865.

Приказы по архиву 1852–1917. Журнал распоряжений управляющего архивом, содержащий сведения об организации научно-издательской работы 1891–1917. Финансовые ведомости 1852–1917. Реестры входящих и исходящих документов 1853–1916. Книги записи дежурств по архиву 1853–1901. Ведомости о явке чиновников на службу и дела о их перемещении, производстве в чины, награждении орденами 1852–1913. Личные дела управляющих архивом Н.В. Калачова 1865–1885, Н.А. Попова 1886–1891, Д.Я. Самоквасова 1892–1911, Д.В. Цветаева 1911- 1917, сотрудников МАМЮ, в т. ч.Н. Н. Ардашева, И.Д. Беляева, И.С. Беляева, Н.Г. Бережкова, С.Б. Веселовского, А.А. Гоздаво-Голомбиевского, Ю.В. Готье, М.В. Довнар-Запольского, А.Н. Зерцалова, В.К. Клейна, И.Н. Николаева, Н.Н. Оглоблина, С.И. Порфирьева, И.Я. Стеллецкого, В.Н. Сторожева, Н.И. Тихомирова, В.М. Ундольского, Н.Н. Харузина, В.И. Холмогорова, Н.П. Чулкова, С.К. Шамбинаго, В.В. Шереметевского, С.А. Шумакова, А.И. Юшкова, А.В. Экземплярского. Рабочие дневники сотрудников 1912–1917.

Дела о размещении архива в Кремле, в здании Сената, затем – в помещении Константиновского межевого института на Старой Басманной ул. 1873 и в специально построенном архивном здании на Девичьем поле 1886. Протоколы Строительного комитета о сооружении и дооборудовании здания 1882-1890. Переписка о комплектовании МАМЮ: поступлении документов Сената 1854, «Дел с известным титулом» 1868–1871, фондов местных судебных учреждений (главным образом в 1867–1885), учреждений г. Москвы 1884–1888, Литовской метрики 1887, дел о сектантах 1912; о приеме на временное хранение эвакуированных документов из варшавских архивов 1915; о передаче дублетных документов (списков с писцовых книг) в Публичную библиотеку в Петербурге 1870 и в Нижегородскую губернскую ученую архивную комиссию 1887; о передаче части Коронной метрики в Варшавский архив древних актов 1898.

Переписка о выдаче МАМЮ справок по запросам государственных учреждений и частных лиц (в основном по землевладению) – ок. 3 тыс. дел 1852–1917; о выставках документов 1912–1916; о высылке документов в научные учреждения во временное пользование 1852–1916, в т. ч. в Археографическую комиссию, губернские ученые архивные комиссии и т. д.; об обмене научными изданиями 1865–1916; об участии во всероссийских и областных археологических съездах 1869–1914. Переписка с Академией наук об издании «Актов Московского государства» 1897–1903 и «Грамот Коллегии экономии» 1912.

Дела о допуске в архив и журналы выдачи документов сотрудникам к исследователям 1870–1917, в т. ч. В.Б. Антоновичу, Д.И. Багалею, Н.Н. Бакаю, П.И. Баранову, А.П. Барсукову, С.В. Бахрушину, С.А. Белокурову, М.М. Богословскому, С.К. Богоявленскому, В.Л. Бурцеву, Ю.Э. Варанену, С.Б. Веселовскому, А.Е. Викторову, А.В. Висковатову, М.О. Гершензону, А.М. Гневушеву, М.Д. Горчакову, Ю.В. Готье, И.Э. Грабарю, Б.Д. Грекову, М.С. Грушевскому, И.Я. Гурлянду, И.И. Дитятину, М.В. Довнар-Запольскому, В.Г. Дружинину, М.А. Дьяконову, Г.В. Есипову, И.Е. Забелину, Н.П. Загоскину, Е.Е. Замысловскому, А.И. Заозерскому, Г.Ф. Карпову, Л.П. Карсавину, А.А. Кизеветтеру, С. Класону, В.О. Ключевскому, Н.И. Костомарову, А.С. Лаппо-Данилевскому, В.Н. Латкину, И.А. Линниченко, Н.П. Лихачеву, М.К. Любавскому, П.М. Майкову, А.А. Мартынову, И.Н. Миклашевскому, П.Н. Милюкову, Б.Л. Модзалевскому, А.З. Мышлаевскому, В.А. Мякотину, К.И. Невоструеву, З. Неедлы, Н.Я. Новомбергскому, А.А. Новосельскому, П.Н. Павлову-Сильванскому, В.И. Пичете, С.Ф. Платонову, А.Е. Преснякову, С.В. Рождественскому, Н.А. Рожкову, В.В. Руммелю, Л.М. Савелову, В.И. и М.И. Семевским, В.И. Сергеевичу, С.М. Середонину, П.П. Смирнову, В. Собесскому, С.М. Соловьеву, В.Н. Строеву, М.И. Сухомлинову, Л.М. Сухотину, И.Ф. Токмакову, Л.Н. Толстому, А.И. Успенскому, А.А. Федотову-Чеховскому, А.Н. Филиппову, Н.Д. Чечулину, А.А. Шахматову, С.Н. Шубинскому, Е.Ф. Шмурло, В.О. Эйнгорну, А.И. Яковлеву, В.Е. Якушкину и др. Дела о хищении документов Ю.В. Татищевым 1902–1903 и Е.Д. Сташевским 1915.

Указатели и выписки из документов МАМЮ, относящихся к истории придворного ведомства, сделанные директором Московского отделения Архива Министерства императорского двора Г.В. Есиповым по указанию Министерства двора, ходатайствовавшего о передаче этих документов из МАМЮ 1868. Докладные записки сотрудников архива об описании и издании документов 1886–1890, 1895–1903, 1911–1916. Выписки из «Дел с известным титулом» и описи этих документов, предназначенные для издания «Внутренний быт Российского государства с 17 октября 1740 г. по 25 ноября 1741 г.» (М., 1880–1886.Т. 1 – 2), третий том которого остался неизданным, – всего ок. 5 тыс. лл. выписок (впоследствии коллекция «Дела с известным титулом» была расформирована). Подготовительные материалы к изданиям «Дворцовые разряды» (СПб., 1850–1854.Т. 1 – 4), к составлению описи «Грамот Коллегии экономии» 1852 и ее усовершенствованию 1909–1911, к описанию писцовых, межевых и т. п. книг 1858. Незаконченное обозрение фонда Судного приказа 1894. Описи столбцов Разрядного приказа, сост. при Н.В. Калачове и Н.А. Попове 1885–1891. Черновики «инвентарных» описей столбцов Разрядного приказа, сост. при Д.Я. Самоквасове и опубл. в т. 11-20 «ОДиБ». Описи «Книг записей литовских» 1916–1918 – продолжение описания, начало которого издано в 21-м т. ОДиБ (планировалось издание трех тт.). Рукопись неизданного т. 4 «Актов Московского государства». Подготовительные материалы к серийному изданию «Сборник МАМЮ», в т. ч. по неизданным томам, посвященным истории Псковского края, Ольгова Рязанского монастыря, землевладения бояр Романовых 1912–1917.

Старые описи дел канцелярии МАМЮ, составленные на основании ежегодной номенклатуры, и описи различных архивных фондов, хранившихся в МАМЮ XIX – н. XX в.

Рукописи опубликованных работ и подготовительные материалы научной деятельности некоторых сотрудников МАМЮ (Г.Н. Шмелева, П.И. Иванова 1897–1903). Биографические материалы Н.Г. Бережкова, А.И. Ковалевского, П.Д. Самарина, в разное время служивших в МАМЮ.

Фрагменты служебных и творческих архивов историков-архивистов служивших в МАМЮ. Ардашев Н. Н.:докладные записки (черн.) Д.Я. Самоквасову 1893–1895, 1903; подготовительные материалы к работе о личном составе Поместного приказа, алфавитный список дьяков и подьячих Поместного приказа; выписки из указных книг Поместного приказа для неосуществленного издания Московского археологического института «Расходные книги и столпы Поместного приказа» 1910. Востоков А. А.: подготовительные материалы к работам о боярских книгах и приказах Российского государства, к обозрению фонда Московского надворного суда 1887–1891; перечень документов из столбцов Сибирского приказа о пребывании ссыльных князей А.В. и В.В. Голицыных в г. Пустозерске. Зерцалов А. Н.: «Примечания» 1884 к работам Д.М. Мейчика о Соборном Уложении 1649; статьи (черн.) 1881–1897, в т. ч. «Дополнительные сведения о Земском соборе 1634 г.», «Посольство в Турцию в 1634 г.», «Заметка об Уложении царя Алексея Михаиловича 1649 г.», «К вопросу о десятнях», «О Новгородской приказной палате», «Записная книга новгородским кабалам и другим актам»; дело о разборе в МАМЮ архива, оставшегося после смерти А.Н. Зерцалова, и об обнаруженных документах XVI- XVIII вв. (сп.); завещание А.Н. Зерцалова 1890-е. Иванов П. И.: отчет в Русское географическое общество о составлении научно-справочного аппарата в МАМЮ 1854; докладные записки в Министерство юстиции об издании «Грамот Коллегии экономии» и писцовых книг 1850-е; подготовительные материалы к работам по истории Соловецкого монастыря, о местничестве, о межевании земель, о злоупотреблениях псковского воеводы кн. Д.П. Лопаты-Пожарского, «Сенатская типография и сенатские объявления» 1850-е; перечень оставшихся после смерти П.И. Иванова книг и документов; дело о предоставлении МАМЮ права на реализацию нераспроданных изданий П.И. Иванова 1865. Калачов Н. В.: «Примечания» Н.В. Калачова в его брошюре «Архивы» 1877; записка об описании Литовской метрики 1878; переписка о создании губернских ученых архивных комиссий 1882- 1885; подготовительные материалы для издания «Доклады и приговоры Боярской думы» 1884–1885; дело о разборе архива, оставшегося после смерти Н.В. Калачова 1887. Николаев И. Н.:подготовительные материалы к описанию десятен, к указателю документов Каменного приказа об архитектуре г. Москвы 1870-е; статья «Прием документов из Московской городской управы» 1884–1885; список научных трудов 1885. Попов Н. А.: программа «Памятной книжки МАМЮ» 1885; отзыв на проект Министерства народного просвещения о преобразовании Виленского, Витебского и Киевского архивов древних актов 1887; переписка с губернскими учеными архивными комиссиями о высылке им тематических перечней документов МАМЮ 1887–1891; переписка с библиотекарем Варшавского университета о строительстве хранилища по типу МАМЮ 1891; подготовительные материалы к сборнику документов о В.Н. Татищеве. Самоквасов Д. Я.: письмо Д.Я. Самоквасова в Министерство народного просвещения о проекте архивной реформы 1896; дело о его командировке для осмотра западноевропейских архивов 1899; отзыв на проект Министерства народного просвещения о студенческих организациях 1901; переписка с начальником Главного штаба об описании Лефортовского архива 1901–1902; о рассмотрении Д.Я. Самоквасовым проектов улучшения деятельности Киевского и Виленского архивов древних актов 1904, архивной реформы на флоте и учреждения архива при Новороссийском университете 1908; материалы об изучении монастырей в Черниговской губ. Стеллецкий И. Я.: донесения местных властей в МАМЮ о древних крепостях и подземных сооружениях, присланные по распоряжению Министерства внутренних дел для подготовки сборника документов «Подземная Россия» (в серийном издании «Сборник МАМЮ») 1913–1914; проекты устава Комиссии по изучению подземной старины при Московском обществе по изучению памятников древностей; переписка с московским градоначальником и с Московским археологическим институтом 1914–1916.

Тихомиров Н. И.:записка об издании «Дворцовые разряды» 1850-е; выписки из дел Московской управы благочиния о церквах и монастырях и копии планов зданий; рисунки и стихи Н.И. Тихомирова и В.В. Нечаева «Галерея портретов сотрудников архива». Цветаев Д. В.: отзывы Д.В. Цветаева о проекте закона об охране памятников 1912 и о проведении I Всероссийского съезда музееведов 1913; подготовительные материалы к изданию писем Екатерины II генерал-прокурору Сената кн. А.А. Вяземскому 1915; опись архива, оставшегося после смерти Д.В. Цветаева. Чулков Н. П.: конспект лекций Н.П. Чулкова на Московских архивных курсах о составе и содержании документов МАМЮ и о генеалогии (отр.) 1918. Шереметевский В. В.: записки «О результатах работы И.М. Катаева по составлению обозрения материалов для истории Разряда», о проведении занятии на Московских архивных курсах 1918; план «Обозрения Разряда» и статья «Послесловие к описанию Разряда» 1918; докладные записки об организации описательного подотдела и о перспективах описательной деятельности архива 1920. Шумаков С. А.: подготовительные материалы к книге С.А. Шумакова «Губные и земские грамоты» 1895, статье «Столбцы Поместного приказа» 1908, обзорам «Грамот Коллегии экономии», в т. ч. к неизданным обзорам по Вологодскому, Псковскому, Торопецкому уу., к изданию духовных грамот 1915–1918; план издания «Грамот Коллегии экономии» 1912.