Жалованные грамоты Ивана IV (сп.) 1581 и Михаила Федоровича (сп.) 1639 монастырю на вотчины.

Указы Монастырского приказа, Синода, Московского синодального правления, Московской духовной консистории 1720- 1916.

Книги: описные ризницы, икон, книг, утвари и др. 1701–1845, записные входящих и исходящих документов 1720–1915, разносные исходящих документов 1732–1916, приходо-расходные денег 1681–1689, 1734–1920, материалов 1837–1904; вкладные 1797–1854; приходные кружечных сборов 1822–1890, сумм за погребение 1855–1908; расходные 1760–1905, «трапезные» 1792–1835. Журналы учета исповедовавшихся и причащавшихся 1894–1914 и «внебогослужебных собеседований» духовенства с прихожанами 1902–1912.

Ведомости о состоянии монастырских построек, стен, часовен в Москве 1768–1904, в т. ч. после ухода французских войск (с реестром похищенного имущества) 1812, о состоянии богадельни для монахинь и больницы для неимущего духовенства 1857- 1917.

Донесения настоятелей монастыря в Монастырский приказ, Синод, Московское синодальное правление, Московскую духовную консисторию 1701–1917: о доходах от церковных служб, земельных владений, аренды угодий и зданий, продажи песка с берегов р. Москвы, мельницы в с. Подол Московского у., торговли свечами, иконами и др., о расходах на ремонтно-строительные работы, содержание монахов и арестантов, школы, богадельни, больницы, лазарета для раненых в 1-ю мировую войну, пожертвования на братство Кирилла и Мефодия, Православное миссионерское общество, Российское общество Красного Креста.

Донесения настоятелей московских монастырей настоятелям Даниловского монастыря (как благочинным московских епархиальных монастырей) 1859–1907.

Дела 1702–1915: о сборах рекрут, работных людей на верфи, лошадей и др., об управлении и хозяйстве ее. Вихорна, Выползово, Добрятино, Котлы, Подол, в т. ч. об усмирении волнений крестьян с. Вихорны 1763; о приеме, жаловании, перемещении, отпуске монахов, в т. ч. о награждении монахов, служивших на военных кораблях 1899–1907; о содержании Коломенского духовного училища и монастырской приходской школы, в т. ч. переписка с учителями, списки учащихся 1780–1915; о ремонтно-строительных и реставрационно-живописных работах, в т. ч. подряды, договоры с живописцами и мастерами, счета, расписки в получении жалованья, справки специалистов, проверявших реставрацию 1737–1912.

Алфавитный список погребенных в монастыре 1856. Краткая история монастыря (сост. архимандритом Тихоном) 1901. Выписи XVIII-XIX вв. из жалованных грамот 1679–1773, из писцовых и межевых книг 1627–1758 на монастырские владения.

Проекты и рисунки церквей стен, башен, жилых построек, фасады и интерьеры 1814–1912, в т. ч. рисунки раки кн. Даниила Александровича 1817, иконостасов церквей 1857, 1860, 1867.

Планы монастырских владений и различных строений 1843- 1880, генеральный план земельных угодий 1862.