Сведений о дате создания политотдела не выявлено в связи с тем, что в 1991 г. документы за 1954– 1985 гг. в количестве 632 дел были переданы в областной военкомат на основании постановления секретариата ЦК КПСС от 29.03.1991 г. и рекомендаций ПДА НМЛ при ЦК КПСС от 19.04.1991 г. Первое упоминание о политотделе в документах Магаданского обкома КПСС относится к 1961 г.

Политотдел проводил политическое руководство военкоматами районов и воинских частей, партийно-политическую и идеологическую работу, мобилизуя военных на выполнение боевой и мобилизационной готовности. Подчинялся Политическому управлению Дальневосточного округа. Действовал во всех районах Магаданской области, в систему подведомственных организаций входили первичные партийные организации районных военкоматов и военных частей. В 1961 г. числилось 76 членов партии и 4 кандидата в члены партии, в 1987 г. – 24 первичные партийные организации, 246 членов партии и 7 кандидатов.

Ликвидирован в соответствии с Указом Президента РСФСР от 20 июля 1991 г. «О прекращении деятельности организационных структур политических партий и массовых общественных организаций в государственных органах, учреждениях и организациях РСФСР».