Образован 31 октября 1975 г. на I Магаданской областной конференции профсоюза работников просвещения, высшей школы и научных учреждений. 4 апреля 1996 г. зарегистрирован как Магаданская областная организация профсоюза работников народного образования и науки РФ.

Цели деятельности: практическая реализация программ осуществления школьной реформы, совершенствование подготовки молодых специалистов, повышение эффективности научных исследований в комплексном развитии производственных сил Магаданской области, внедрение научных разработок и рекомендаций в практику народного хозяйства, укрепление учебно-материальной и научно-производственной базы учреждений.

В областную организацию в 1975 г. входили 11 районных и Магаданская городская организация, первичные профсоюзные организации Всесоюзного заочного политехнического института, Всесоюзного заочного юридического института, Магаданского пединститута, Института биологических проблем Севера, СВКНИИ, Анадырского педучилища, 13 185 членов профсоюза, в 1999 г. – 145 первичных организаций с численностью 6490 членов профсоюза, в т. ч. 2172 студента вузов.