Образован 14 января 1975 г. на учредительной конференции Магаданского областного комитета профсоюза рабочих и служащих сельского хозяйства и заготовок. Переименован в 1977 г. в Магаданский областной комитет профсоюза работников сельского хозяйства, 29 ноября 1986 г. – в Магаданский обком профсоюза работников агропромышленного комплекса, объединивший в себе профсоюз работников сельского хозяйства и профсоюз рабочих пищевой промышленности, 26 февраля 1996 г. – в Магаданскую областную организацию профессионального союза работников агропромышленного комплекса Российской Федерации.

Основными целями являлись: защита социально-трудовых прав и интересов, участие в формировании и реализации социальных программ, обеспечивающих достойную жизнь, улучшение условий и охраны труда, удовлетворение социальных нужд, оказание медицинского, культурного и бытового обслуживания, организация отдыха, досуга членов профсоюза и их семей.

В составе областной организации в 1975 г. было 19 600 членов профсоюза, в 1989 г. 212 первичных профорганизации, 39,5 тысячи членов профсоюза, в 1999 г. – 9 тысяч членов профсоюза. В 1994 г. Магаданский обком объединял 190 профорганизаций, 1 окружком, 17 районных советов, председателей профсоюзных комитетов.

Структура обкома профсоюза: председатель, секретарь, зав. орготделом, зав. отделом жилищно-бытовых и культмассовых работ, зав. отделом производственно-массовой работы, инструктор отдела производственно-массовой работы и зарплаты, гл. бухгалтер, заместитель главного бухгалтера, инструктор-ревизор, заведующий АХО, технический инспектор, доверенный врач, инструктор по соцстраху, инструктор по кино, председатель окружкома, председатель горкома, председатели райкомов, секретари райкомов, секретарь окружкома, главный бухгалтер окружкома. В 1995 г.: председатель, главный бухгалтер, секретарь-делопроизводитель, технический инспектор.