Дела и документы 1629–1716: об оказании медицинской помощи членам царской семьи и придворным, стрельцам, крестьянам дворцовых сел, иноземцам и др.; о посылке лекарей и лекарств в полки; о проведении медицинской экспертизы (судебной, о пригодности к службе), об освидетельствовании лекарств, приготовленных лицами, не имеющими права на врачебную практику, о поставленных диагнозах, в т. ч. сказка докторов об осмотре убитого кравчего датского королевича Вальдемара 1644; о заготовке, доставке и хранении лекарственных трав, выращенных в садах и огородах Аптекарского приказа и закупленных; о приготовлении и продаже лекарств, благовоний, косметики, составов, употреблявшихся при изготовлении боеприпасов и др., в т. ч. для отделки царских врат Архангельского собора 1647; о строительстве Новой аптеки, ее штате, открытии частных аптек и запрещении торговли лекарствами на рынке; о приглашении из-за границы врачей и аптекарей, подготовке русских медицинских кадров, в т. ч. о производстве П.В. Постникова, обучавшегося в Падуанском университете, в доктора Аптекарского приказа 1701.

Списки стрельцов: раненых и убитых под Дубровной 1654, под Динабургом 1657.

Сказки и «рассуждения» о способах лечения болезней и свойствах лекарств, рецепты и их перечни, «травники», «докторские лексиконы», описи медицинских инструментов, приходо-расходные книги и росписи приказа XVII – н. XVIII вв.

Дела 1645–1674: о лечении членов царской семьи и др.; о посылке лекарств в полки; об освидетельствовании неспособных к службе стрельцов; о заготовке лекарственных трав, изготовлении и покупке лекарственных средств; о медицинском персонале и служителях, выплате им жалованья, их судные дела; о получении денег из приказов. Рецепты.