Отдел здравоохранения Далькрайисполкома был создан в 1926 году. С 1926 по 1932 год отдел руководил работой отделов здравоохранения Амурского, Владивостокского, Зейского, Камчатского, Нижнеамурского, Сахалинского, Сретенского, Хабаровского и Читинского окрисполкомов. В 1932 г. в связи с ликвидацией округов и образованием областей, были созданы отделы здравоохранения облисполкомов. На 1 января 1938 г. в ведении отдела находились отделы здравоохранения Амурского, Камчатского, Нижнеамурского, Приморского, Сахалинского, Уссурийского, Хабаровского облисполкомов, отдел здравоохранения исполкома Еврейской автономной области.

  В связи с изменением административно-территориального деления края отдел здравоохранения Далькрайисполкома в 1940 г. был преобразован в отдел здравоохранения Хабаровского крайисполкома.

  На основании постановления главы администрации Хабаровского края от 11 ноября 1991 г. N 3, распоряжения главы администрации Хабаровского края от 3 февраля 1992 г. N 33-к отдел здравоохранения Хабаровского крайисполкома был преобразован в управление здравоохранения администрации Хабаровского края.

  Основные функции управления: профилактика заболеваний и обеспечение населения общедоступной квалифицированной и бесплатной медицинской помощью, организация и руководство санитарным делом, проведение мероприятий по предупреждению заболеваний и борьбе с ними.