10 февраля 1948 г. 3-я Хабаровская городская клиническая больница была объединена с центральной поликлиникой в 3-ю объединенную клиническую больницу. Больница находилась в ведении отдела здравоохранения Хабаровского горисполкома. Точную дату переименования 3-й объединенной клинической больницы в 3-ю городскую клиническую больницу установить не удалось.

  По состоянию на 1 января 1953 г. больница имела хирургическое, детское хирургическое, терапевтическое, глазное, неврологическое и поликлиническое отделения. В 1979 г. было открыто кардиологическое отделение, закрыто глазное отделение.

  На базе больницы работают кафедры Хабаровского медицинского института. С 1950 по 1971 год кафедру факультетской терапии возглавлял профессор С. К. Нечепаев. Согласно постановлению СМ РСФСР от 16 марта 1972 г. N 170 и постановлению бюро Хабаровского крайкома КПСС и Хабаровского крайисполкома от 1 февраля 1972 г. N 82 3-й городской клинической больнице было присвоено имя С. К. Нечепаева.

  На основании постановления главы администрации г. Хабаровска от 10 января 1993 г. N 20 и свидетельства о государственной регистрации N 552-АГ больница зарегистрирована как муниципальное медицинское учреждение "Городская клиническая больница N 3 имени С. К. Нечепаева".

  Основная функция больницы-оказание специализированной, квалифицированной стационарной и лечебно-консультативной помощи населению города.

  Документы за 1948-1962 гг. на государственное хранение не поступали.