На основании Указа Президента Республики Марий Эл от 11 февраля 1999 г. N 36 Комитет по пищевой и перерабатывающей промышленности при Министерстве сельского хозяйства и продовольствия Республики Марий Эл преобразован в Государственный комитет Республики Марий Эл по пищевой и перерабатывающей промышленности.

В соответствии с Указом Президента Республики Марий Эл от 19 января 2001 г. N 18 "О структуре органов исполнительной власти Республики Марий Эл" Государственный комитет Республики Марий Эл по пищевой и перерабатывающей промышленности упразднен.