Противочумное отделение образовано в 1953 г. Приказом Министерства здравоохранения СССР N 684 от 22 ноября 1965 г. отделение реорганизовано в Горно-Алтайскую противочумную лабораторию, приказом Министерства здравоохранения СССР N 181 от 4 марта 1973 г. лаборатория реорганизована в Горно-Алтайскую противочумную станцию.

Станция осуществляет эпидемический надзор за особо опасными инфекциями (чума, туляремия, сибирская язва), наблюдение за природными очагами особо опасных инфекций, проведение санитарно-профилактических мероприятий и подготовку медицинских кадров, организует санитарную охрану территории области и Алтайского края.