Создан в 1989 г. по постановлению Бюро ЦК ВЛКСМ для оказания помощи комсомольским организациям, молодежным природоохранным формированиям в охране окружающей среды, развитии материальной базы молодежного природоохранного движения. В Экологическом центре (в разных регионах СССР) функционировали опытные предприятия и лаборатории по разработке и испытанию экологически безопасных технологий. В августе 1991 г. Экологический центр прекратил деятельность в качестве предприятия при ЦК ВЛКСМ. Был передан хозяйственной ассоциации "Молодая Россия".