Образована в 1959 г. в гг. Буюклы Смирныховского района на основании приказа по тресту "Сахалинуглегеология" от 26 декабря 1958 г. В 1960 г. экспедиция перебазировалась в гг. Сокол, а в 1967 г. – в Южно-Сахалинск.

Ликвидирована согласно приказа от 16 февраля 1974 г. по Сахалинскому геологоуправлению. На ее базе создана Сахалинская морская нефтегазоразведочная экспедиция глубокого бурения.

Преобразована в Сахалинскую нефтегазоразведочную экспедицию глубокого бурения (приказ от 8 апреля 1976 г. N 179).

С 1 октября 1981 г. – Сахалинская нефтегазоразведочная экспедиция Сахалинского производственного объединения "Сахалингеология.