Образован в октябре 1929 г. как Средневолжский краевой санитарно-бактериологический институт отдела здравоохранения исполнительного комитета Средневолжского краевого Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов.

С мая 1932 г. – Средневолжский краевой НИИ эпидемиологии и микробиологии отдела здравоохранения исполкома Средневолжского краевого Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов.

С января 1935 г. – Куйбышевский краевой научно-исследовательский санитарно-эпидемиологический институт отдела здравоохранения исполнительного комитета Куйбышевского краевого Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов.

С января 1940 г. – Куйбышевский государственный научно-исследовательский санитарно-эпидемиологический институт Наркомата здравоохранения РСФСР.

С 6 декабря 1942 г. – Куйбышевский государственный НИИ эпидемиологии и микробиологии Наркомата (с 1946 г. – Министерства) здравоохранения РСФСР.

С 1957 г. – Куйбышевский государственный НИИ эпидемиологии, микробиологии и гигиены управления НИИ эпидемиологии, микробиологии и производства вакцин и сывороток Министерства здравоохранения РСФСР.

С 11 июля 1969 г. – Куйбышевский НИИ гигиены Главного санитарно-эпидемиологического управления Министерства здравоохранения РСФСР.

С 26 мая 1989 г. – Куйбышевский (с 25 января 1991 г. – Самарский) филиал научно-практического объединения «Гигиена и профпаталогия» Министерства здравоохранения РСФСР.

С 14 марта 1994 г. – Самарский НИИ гигиены государственного комитета санитарно-эпидемиологического надзора РФ.

Функции: изучение влияния факторов окружающей среды на состояние здоровья населения; разработка методологии определения реальной и установления максимально допустимой нагрузки на организм факторов окружающей среды; гигиеническое обоснование государственных мероприятий по профилактике неблагоприятных для здоровья населения последствий загрязнения окружающей среды; совершенствование методов измерения концентрации вредных веществ в воздухе рабочей зоны и воде водоемов.

Ликвидирован 14 марта 1999 г. (вошел в состав Самарского государственного медицинского университета на правах подразделения).

Поступил на хранение в 1963 г.