Создано на основании высочайше утверждённого 6 августа 1864 г. «Положения о военно-окружном управлении». Губернский воинский начальник занимался вопросами комплектования, материально-технического снабжения, боевой и строевой подготовки, размещения местных войск губернии, проводил инспекторские смотры резервных и губернских батальонов, занимался приёмом рекрутов, обеспечением их продовольствием и обмундированием, распределением по воинским частям и отправлением к месту назначения, наблюдал за находящимися в отпуске офицерами, содержанием и препровождением арестантов.

Управления губернских воинских начальников подразделялись на четыре разряда, Псковское управление относилось ко второму разряду. Делопроизводство управления сосредоточивалось в канцелярии, в которой состояли: правитель канцелярии, три делопроизводителя, аудитор, старшие и младшие писари.

Упразднено по повелению Александра III от 30 августа 1881 г., обязанности губернского воинского начальника были переданы начальнику местной бригады.