Создана на основании высочайше утверждённого Павлом I доклада Медицинской коллегии «Об учреждении медицинских управ» от 19 января 1797 г. Была призвана стать «блюстителем здоровья всей губернии по воинской и гражданской части, подчинив себе не только врачей уездных и служащих при войсках, но и госпитали, лазареты, аптеки». Выполняла следующие функции: инспектирование медицинских учреждений, составление медико-топографических описаний, организация борьбы с заразными болезнями, оспопрививание, судебно-медицинская экспертиза, контроль за деятельностью аптек, частнопрактикующих врачей, организация родовспоможения и др.

В состав управы входили: инспектор или штадт-физик, оператор и акушер. Управа находилась в ведении Медицинской коллегии, на основании именного указа Александра I от 31 декабря 1803 г. перешла в подчинение Экспедиции государственной медицинской управы, с 1811 г. – Департаменту полиции медицинской Министерства полиции, с 1819 г. – Медицинского департамента Министерства внутренних дел.

На основании «Временных правил о преобразовании губернских учреждений ведомства Министерства внутренних дел» от 8 июня 1865 г. преобразована во врачебное отделение губернского правления.