Образовано в 1867 г., ведало политическим розыском и производством дознаний по государственным преступлениям в пределах Санкт-Петербургской губернии. С организацией в 1881 г. Санкт-Петербургского охранного отделения розыскные функции в основном перешли в ведение последнего, а за жандармским управлением осталось только производство дознаний. Ликвидировано в марте 1917 г.

Документальные материалы Санкт-Петербургского ГЖУ сохранились частично за 1878–1916 гг. Большинство документов сгорело во время пожара Санкт-Петербургского окружного суда в 1917 г.

Среди сохранившихся дел имеются дознания о демонстрациях на Казанской площади в 1876 и в 1912 гг., о писателях К.М. Станюковиче, Н.В. Шелгунове, привлеченных к следствию за опубликование в журнале «Дело» статей народовольцев, о заграничной организации «Искры» в Берлине в 1901 г., о транспортировке из Петербурга в Москву газет «Вперед» и «Пролетарий», и воззваниях «Ко всему народу», о распространении революционных воззваний, о взрыве 12 августа 1906 г. бомбы на даче министра внутренних дел П.А. Столыпина.

Дела с отдельными требованиями других жандармских управлений об установлении личности, места жительства, проверки политической благонадежности лиц, привлеченных к дознанию и дела с перепиской по личному составу управления.