В материалах Управления Нерчинскими тюрьмами имеются следующие основные группы дел: Главного Управления Восточной Сибири за 1869 г., Забайкальского областного правления за 1873, 1882, 1886–1887, 1909 гг., Тюремного отделения Забайкальского областного правления за 1909–1917 гг., Управления Нерчинской каторги за 1864–1903 гг., Начальника Нерчинской каторги за 1904–1917 гг., Коменданта Управления Нерчинской каторги за 1864–1872 гг., архитектора при постройке тюрем в Нерчинском горном округе за 1884–1890, 1895–1896, 1899 гг., чиновника особых поручений за 1873–1887, 1892, 1904–1905 гг., Нерчинского Окружного полицейского управления за 1875, 1880, 1882–1888, 1891, 1909 гг. Материалы отдельных тюрем, входивших в Нерчинскую каторгу (Алгачинской, Александровской, Зерентуйской, Кадаинской, Казаковской, Карийских, Кутомарской, Мальцевской, Лунгжанской, пересыльной): дела начальников тюрем, конвойных команд, материалы заведующих арестантскими работами по постройке участков Амурской железной дороги, заведующего командой ссыльно-каторжан на Ундинских золотых промыслах, заведующих конвоем на Казеновских, Дарасунских, Нижне-Борзинских, Ново-Троицком, Мало-Мальских промыслах, командира сводного батальона Забайкальского казачьего войска, Газимурского этапа, мирового посредника Шилкинской волости.
Дела административно-хозяйственного характера: акты передачи тюрем, денежная отчетность, переписка по исполнению приговоров, наложение взысканий на ссыльно-каторжан, освобождения ссыльно-каторжан от работ, об отправке ссыльно-каторжан на другие каторги, на поселение, о распределении на работу, отчеты о выполненных работах и расчеты за них, прошения и претензии ссыльно-каторжан, рапорты начальников тюрем, приказы и др. Дела о политических каторжанах (ведомости, сведения по запросам о применении амнистии по манифесту 11 августа 1905 г.), о побегах политических каторжан (1882, 1906 гг.), о свиданиях политических каторжан, личные дела за 1880–1917 гг., о происшествиях в тюрьмах (об убийствах, волнениях ссыльно-каторжан в Нижне-Карийской тюрьме в 1881 г., 11 мая 1882 г., о подкопе в Зерентуйской тюрьме в 1889 г. и др.). Секретная переписка о политических ссыльно-каторжанах, дела о приеме, сдаче и распределении их по рудникам и заводам, инструкции о содержании политических каторжан, выдаче им писем, собственных денег, посылок, о беспорядках на Акатуевском руднике в 1886 г.