Секретариат, управление делами, отдел импорта, отделы, занимающиеся отдельными группами высших учебных заведений: университетов, педагогических и правовых вузов, промышленных учебных заведений и др. управления: высших учебных заведений ВКВШ, средних специальных учебных заведений, снабжения.
Положение о ВКВШ (1936 г.), типовой устав высшей школы (1936). Протоколы заседаний ВКВШ и материалы к ним по итогам обследования работы вузов, об утверждении смет и бюджетов по вузам, рассмотрению тематических планов издания учебников и по другим вопросам (1939–1945); стенограммы Всесоюзного совещания работников высшей школы (1938). Приказы по ВКВШ (1936–1946). Отчеты о работе ВКВШ (1940, 1942). Представления ВКВШ в СНК СССР, ЦК ВКП(б), Верховный Совет СССР по организационным, учебным, административно-хозяйственным вопросам, вопросам строительства, подготовки специалистов, присвоения почетных званий ученым-педагогам высшей школы, представления вузам права присуждать ученые степени и по другим вопросам. Номенклатура специальностей вузов СССР, правила приема и программы вступительных экзаменов в вузы (1938). Протоколы заседаний экспертных советов вузов, экспертных комиссий по различным отраслям наук при ВКВШ по рассмотрению дел Высшей аттестационной комиссии на соискание ученых степеней и званий. Стенограммы Всероссийских и Всесоюзных совещаний директоров и заведующих кафедрами университетов, институтов, стенограммы заседаний Ученых советов вузов. Отчеты высших учебных заведений об учебной и научно-исследовательской работе, отчеты техникумов легкой промышленности, сельскохозяйственных, транспорта и связи, экономических; материалы обследований вузов. Учебные планы, программы, паспорта вузов, рецензии и отзывы на учебники.
Материалы о демонтаже оборудования вузов Германии, о его вывозе и распределении между вузами СССР: докладные записки, справки, переписка. Имеются сведения о деятельности высших учебных заведений Германии.