Патриарший Разрядный приказ возник в н. XVII в. (именовался также Патриаршим разрядом). Ведал патриаршими служилыми людьми (их испомещениями, судом над ними, антицерковными преступлениями, наследственными и брачно-семейными делами) и высшим духовенством. Судебная компетенция Приказа над церковными организациями расширена после 1625, в связи с чем он стал именоваться Судным. Упразднен в 1700.
Патриарший Духовный приказ возник после 1667 как учреждение, подчиненное Патриаршему Разрядному приказу. Ведал преступлениями против церкви, борьбой со старообрядчеством и вопросами семейного права. Упразднен в 1700.