Приказом войскам Южного фронта No.16 от 3 октября 1918 г. части, действовавшие в восточных районах Северного Кавказа, сводились в 12 армию. По приказу войскам фронта No.78 от 2 ноября 1918 г. она подчинялась вновь созданному Каспийско-Кавказскому отделу Южного фронта, преобразованному приказом РВСР No.001 от 8 декабря 1918 г. в самостоятельный Каспийско-Кавказский фронт.
Для оперативного руководства военными действиями в районах гг. Гурьев и Кизляр в ноябре 1918 г. в составе армии были образованы гурьевский и кизлярский фронты (участки). Приказом войскам Каспийско-Кавказского фронта No.76 от 31 декабря 1918 г. гурьевский фронт включался в состав войск Астраханского укрепрайона, приказом войскам армии No.24 от 31 января 1919 г. упразднялся кизлярский фронт.
Распоряжением РВС фронта No.2784 от 17 декабря 1918 г. на время боевых операций на г. Петровск-Порт в ведение армии передавалась Владикавказско-Грозненская группа войск, подчинявшаяся фронту. Приказом войскам фронта No.150 от 13 февраля 1919 г. в состав армии включались остатки войск расформированной этим приказом 11 армии.
В связи с отходом с Северного Кавказа по приказу РВСР No.003 от 13 марта 1919 г. одновременно с Каспийско-Кавказским фронтом упразднялась 12 армия, ее войска передавались на формирование 11 Отдельной армии.
Дислокация штаба-г. Астрахань.
Войска армии прикрывали Астраханский укрепрайон с юго-запада, вели боевые действия против бичераховцев в районах Гудермес-Петровск-Порт - Кизляр Владикавказской ж.д. и против уральских белоказаков западнее Гурьева; под натиском противника отступили через Кизляр на Астрахань, а Владикавказско-Грозненская группа-в горы.