Приказом наркома по военным и морским делам No.15 от 11 августа 1918 г. был образован Военный совет Казанского участка Восточного фронта для управления действующими под Казанью войсками, сведенными в Правобережную и Левобережную группы. Этот приказ положил начало созданию 5 армии. Приказом войскам армии No.158 от 7 ноября 1918 г. группы были переформированы в 26 и 27 сд.
В соответствии с решением совместного совещания РВСР и РВС Восточного фронта от 10 апреля 1919 г. директивой командования фронта No.01161 от 10 апреля 1919 г. армия передавалась в состав Южной группы войск, а директивой No.166/с от 10 мая 1919 г. возвращалась в подчинение командующего фронтом.
Приказом войскам армии No.1815/н от 11 ноября 1919 г. создавалась Кокчетавская группа войск (54 (вп. 59) сд, 13 кд, Отдельная степная и крепостная бригады). Приказом войскам фронта No.05680 от 15 декабря 1919 г. группе передавались войска 5 армии, действующие в семипалатинском районе, после чего она стала называться Семипалатинской. Приказом Главкома No.1470 от 14 марта 1920 г. сначала часть войск группы, действующая на сергиопольском направлении, а приказом No.2221 от 21 апреля 1920 г. вся Семипалатинская группа (кроме 13 кд) включалась в состав Туркестанского фронта
Согласно распоряжению Совета Рабоче-Крестъянской Обороны приказом войскам армии No.1166/а от 4 декабря 1919 г. все партизанские отряды, по мере соединения с войсками армии, включались в ее состав, в том числе по приказу No.1117/оп от 26 декабря 1919 г. включалась Западно-Сибирская крестьянская армия, ее штаб обращался на пополнение управления инспектора пехоты 5 армии.
В подчинении 5 армии находился Омский (впосл. Сибирский, Западно-Сибирский) военный округ (дек. 1919-май 1920), Челябинский укрепрайон (сент. 1919).
В соответствии с директивой командования Восточного фронта No.594/с от 20 ноября 1919 г. в состав армии передавались 30 и 51 сд 3 армии.
В связи с расформированием управлений Восточного фронта и 3 армии (постановление РВСР от 19 декабря 1919 г., директива Главкома No.3 от 6 января 1920 г.) армия подчинялась непосредственно Главкому и получила наименование 5 Отдельной с задачей освобождения Сибири.
С учреждением должности помощника Главкома по Сибири (приказ РВСР No.597/102 от 20 апреля 1920 г.) армия перешла в его подчинение.
Приказом РВСР No.1952/365 от 20 сентября 1920 г. на командующего армией было возложено командование войсками Восточно-Сибирского военного округа (ВСВО), объединенный штаб получил наименование Штаба 5 армии и ВСВО.
Для ликвидации якутского восстания приказом войскам 5 армии и ВСВО No.1674 от 27 октября 1921 г. был учрежден Штаб командующего вооруженными силами Якутской губернии (с июня 1922 г.-Штаб войск Якутской АССР). Расформирован 7 июня 1925 г. на основании распоряжения РВС Сибирского военного округа.
Директивой РВС войск Сибири No.63/нш от 6 сентября 1922 г. армия расформировывалась, создавался самостоятельный штаб округа, в его подчинение передавались все войска.
Постановлением ВЦИК от 27 июня 1920 г. армия была награждена Почетным Революционным Красным Знаменем.
Дислокация штаба: гг. Свияжск (авг. -сент. 1918), Казань (сент. 1918), Симбирск (окт. -дек. 1918), Бугульма (дек. 1918-янв. 1919), Уфа (февр. -март 1919), ст. Белебей-Аксаково (март-апр. 1919), г. Бугуруслан (апр. 1919), ст. Кротовка (апр. -май 1919), гг. Самара (май), Бугульма (май-июнь 1919), Явгельдин (июнь), Уфа (июнь-авг. 1919), Челябинск (сент. -нояб. 1919), Петропавловск (нояб. 1919), Омск (нояб. -дек. 1919), Красноярск (янв. -апр. 1920), Иркутск (май 1920-1922).
Войска армии участвовали в боях против чехословацкого корпуса и белогвардейцев в районе Казани (авг. 1918), в проведенных в ходе наступления Восточного фронта против армии Колчака (сент. 1918-февр. 1919) операциях: Казанской (5-10 сент. 1918) (освобождение Казани) и Симбирской (9-28 сент. 1918) (форсирование Волги севернее и южнее Симбирска, освобождение правого берега Волги до Буинска, устья и правого берега р. Камы); в преследовании противника и освобождении гг. Бугульма, Белебей, Уфа (окт. -дек. 1918); отходе под натиском армий Колчака (март 1919); принимали участие в операциях, проведенных в ходе контрнаступления Восточного фронта против армий Колчака (28 апр. -20 июня 1919): Бугурусланской (28 апр. -13 мая 1919) (действия на направлении главного удара, освобождение Бугуруслана), Белебейской (15-19 мая 1919) (обеспечение наступления основных сил Южной группы фронта ударом во фланг армии противника), форсирование р. Белой, освобождении г. Бирска; участвовали в операциях, проведенных в ходе наступления фронта (21 июня 1919 - 7 янв. 1920): Златоустовской (24 июня-13 июля 1919) (форсирование р. Уфы, освобождение заводов Белорецкого, Тирлянского, Юрюзанского, г. Златоуста); Челябинской (17 июля-4 авг. 1919) (освобождение гг. Челябинск, Троицк, рассечение фронта противника на две части, одна из которых отступала в Сибирь, другая-в Туркестан); Петропавловской (20 авг. -4 нояб. 1919) (встречные и оборонительные бои между рр. Тобол и Ишим, форсирование р. Тобол, наступление вдоль Сибирской ж.д. магистрали, освобождение г. Петропавловска); Омской (4-16 нояб. 1919) (форсирование р. Иртыш, освобождение г. Омска); Новониколаевской (20 нояб. -10 дек. 1919) (наступление вдоль Сибирской ж.д. магистрали, освобождение гг. Барнаул, Новониколаевск, Колывань, Акмолинск, Атбасар, Каркаралинск, Сергиополь); Красноярской (18 дек. 1919-7 янв. 1920) (освобождение гг. Томск, Мариинск, ст. Тайга и (совместно с партизанами) г. Красноярска); в ликвидации остатков армии Колчака восточнее Красноярска; вступили в г. Иркутск (март 1920); участвовали в ликвидации крестьянских восстаний и бандитизма: в Иркутской губернии (апр. 1921-июнь 1922) (в районах ст. Зима, Балаганский, Верхоленский, Черемховский, Иркутский уезды), в Енисейской губернии (июнь 1921-май 1922) (в районах Ачинский, Капский, Кузнецкий, Минусинский, Красноярский уезды), Якутской губернии (май 1921-апр. 1922) (в районах Якутск, Олекминск, Аян, по р. Лена и Охотскому побережью); в подавлении Якутского восстания (сент. 1921-март 1923), в боевых операциях против "Сибирской добровольческой дружины" ген. А. Н. Лепеляева (июнь 1922-июнь 1923).