Постановлением Совета Рабоче-Крестьянской Обороны от 28 мая 1919 г. вспомогательные войска, состоявшие в распоряжении отдельных ведомств (за исключением железнодорожной, пограничной охраны и конвойной стражи), были переданы в ведение НКВД и реорганизованы в войска ВОХР. Одновременно создавался Штаб войск ВОХР, переименованный из Штаба войск ВЧК и возглавляемый начальником войск. На войска ВОХР возлагались: борьба с бандитизмом, контрреволюционными выступлениями, охрана государственных учреждений, сооружений, промышленных предприятий, охрана и оборона железнодорожных и водных путей сообщения (кроме прифронтовой полосы), перевозимых грузов, изъятие излишков хлеба у кулаков, борьба с мешочничеством.

  Приказом войскам ВОХР No.4/15 от 25 июня 1919 г. Штаб был переименован в Главное управление войск ВОХР, а приказом Военного совета войск ВОХР No.4 от 24 ноября 1919 г. оно получило прежнее наименование. Приказом войскам ВОХР No.390 от 21 октября 1919 г. был создан Военный совет войск. По постановлению СТО от 23 января 1920 г. войска обороны железных дорог, действующие вне прифронтовой полосы, из ведения Наркомвоена передавались в войска ВОХР.

  Постановлением Совета Труда и Обороны от 1 сентября 1920 г. войска ВОХР были объединены с войсками караульными, железнодорожной обороны, транспортной милицией в войска ВНУС. Высший орган управления-Штаб войск ВНУС во главе с командующим войсками подчинялся НКВД и Главкому. Постановлением СТО от 24 ноября 1920 г. в состав войск ВНУС вошли пограничные части.

  Постановлением СТО от 19 января 1921 г. войска ВНУС, за исключением войск ВЧК, железнодорожной и водной милиции, были переданы в военное ведомство. Для руководства приказом РВСР No.1233/225 от 11 июня 1921 г. в Штабе РККА было образовано Управление по внутренней службе, которое по приказу РВСР No.1846/316 от 29 августа 1921 г. упразднялось.