Приказом Наркомата внутренних дел No.343 от 8 мая 1918 г. для руководства Главным ветеринарным управлением старой армии была назначена коллегия. Приказом Наркомвоена No.445 от 15 июня 1918 г. Управление было передано в подчинение ЦУС, а с 5 апреля 1921 г. подчинено непосредственно РВСР (приказ РВСР No.1132).
По положению, утвержденному приказом РВСР No.1896 от 21 сентября 1920 г., его ведению подлежали: учет и распределение ветеринарного персонала, организация ветеринарно-санитарного надзора и ветеринарно-лечебного дела, организация и руководство ветеринарно-просветительной работой, обучение ветперсонала.
Приказом РВС СССР No.1464 от 7 июля 1923 г. Управление было сведено в отдел и передано в ведение Центрального ветеринарного управления Наркомата земледелия. Приказом РВС СССР No.959 от 18 июля 1924 г. Главный военно-ветеринарный отдел Наркомата земледелия реорганизован в Военно-ветеринарное управление РККА с прежними функциями, изложенными во временном положении, объявленном приказом РВС СССР No.687 от 28 июня 1925 г. Подчинялось непосредственно РВС СССР. При управлении действовал совещательный орган-Военно-ветеринарный комитет. По положению об НКО СССР от 22 ноября 1934 г. получило наименование Ветеринарного управления РККА, с 1939 г.-Ветеринарного управления Красной Армии. Документы фонда с 1941 г. хранятся в ЦАМО СССР.