В 1847 г. начато строительство Раимского укрепления на р. Сыр-Дарье. В 1851 г. укрепление переименовано в Аральское. Построенные в 1853-1854 гг. форты № 1 (урочище Казала), № 2 (урочище Кармакчи), № 3 (урочище Куван-Дарья), а также бывшая Кокандская крепость Ак-Мечеть, переименованная в форт Перовский, и укрепление Джулек составили Сыр-Дарьинскую линию. В 1855 г. Аральское укрепление упразднено, его личный состав переведен в форт № 1.
Управление командующего Сыр-Дарьинской линии сформировано 5 июля 1854 г., переименовано 3 декабря 1861 г. в Управление Сыр-Дарьинской линии. Упразднено 5 марта 1865 г. в связи с образованием Военного управления Туркестанской области.