Правая грамота Михаила Федоровича монастырю на рыбные ловли (коп. 1730) 1640.
Грамоты, памяти, указы Монастырского, Патриарших и др. приказов, Устюжской четверти, холмогорских архиепископов и епископов, воевод 1640–1751, отписки и рапорты монастырских властей 1649–1745.
Книги записные продажи соли 1701; входные 1709–1723; приходо-расходные монастыря, вотчин, рыбопромыслов и усолий (в т. ч. Мурманских промыслов, Ненокского усолья) 1708–1745.
Росписи монастырских подворий в Холмогорах 1674, Большой деревне 1676–1687, монастырского имущества XVII в., товаров, перевозимых на монастырских баркасах 1700, лиц, сочетавшихся браком в монастыре 1730–1734, лесоматериалов для Сретенской церкви 1734–1735, рыболовных снастей в монастырских тонах 1748; опись зданий монастыря сер. XVIII в.
Дела и документы об отдаче угодий на оброк 1649; о вкладах в монастырь 1678; о строительстве и купле-продаже судов 1693–1690-е; о столкновениях монастырских крестьян с властями 1702; о сыске бежавшего из ссылки Иоасафа Подвинского 1704; о строительстве Новодвинской крепости 1709.
Отписи, квитанции, расписки Двинской съезжей избы, Великоустюжской земской избы, Вологодского съезжего двора целовальников, таможенных голов, бурмистров, воеводских канцелярий в приеме от монастыря казенных сборов и соли 1646–1790.
Договорные, подрядные и порядные записи, квитанции и контракты крестьян и др. лиц на различные работы 1665–1783, в т. ч. квитанции в приеме сборов с Василия Ломоносова (на перевоз казенного провианта на своих судах из Архангельска в Кольский острог) 1729, 1735.