Амурское казачье войско создано в 1858 г. из забайкальских казаков, переселившихся на новый берег Амура и правый берег Уссури. В 1889 г. из части Амурского казачьего войска образовано Уссурийское казачье войско. Центром Амурского казачьего войска являлся Благовещенск, центром Уссурийского казачьего войска – Иман.
Оба казачьих войска объединялись под управлением наказного атамана Амурского и Уссурийского казачьих войск, который одновременно являлся военным губернатором Амурской области.
В его подчинении находились правления Амурского и Уссурийского казачьих войск, ведавшие административными и хозяйственными вопросами на территории с казачьим населением.
В начале 1918 г. правления казачьих войск были ликвидированы советской властью. В июле того же года правление Амурского казачьего войска было восстановлено под названием Войсковой управы под властью Временного Сибирского правительства, а затем Российского правительства. Сохранившиеся документы не позволяют определить, было ли также восстановлено Правление Уссурийского казачьего войска. Возможно, дела по управлению уссурийским казачеством перешли в ведением Войсковой управы Амурского казачьего войска, поскольку среди ее документов отложились материалы Войскового Круга Уссурийского казачьего войска и приказы Верховного правителя А.В. Колчака по Уссурийскому казачьему войску. Войсковая управа Амурского казачьего войска состояла из следующих отделений: Секретарского, Административного, Хозяйственного, Военного, Оперативного, Мобилизационного, Финансового, Статистического, Продовольственного, Дорожного, Лесного и Учебного. В апреле 1920 г. была создана Ликвидационная комиссия по делу Амурского казачьего войска, которая завершила работу в июне 1920 г.