Магистраты как выборные органы городского самоуправления учреждены в 1744 г. на основании указа Петра I 1718 г. Они являлись административно-политическими, налоговыми и судебными органами для городского населения. Магистраты выполняли некоторые финансовые обязанности, ведали и хозяйством города.
Верхнеудинский магистрат ведал городскими доходами, содействовал развитию ремесел и торговли, заботился о городском благоустройстве и порядке, способствовал организации школ. При нем существовал сословный орган по опеке-сиротский суд.
В 1782 г. магистрат преобразован в судебный орган для купечества и мещан.
Упразднен на основании судебной реформы 1864 г.